В 1540 году преподобный Даниил Переяславский доложил великому князю Иоанну Грозному, что переяславские храмы Иоанна Предтечи и Святого Николая, что у городских ворот, очень обветшали и надобно строить новые. Напомнил он также, что у Николаевского храма в земле лежат мощи святого князя Андрея Смоленского, которому в прежние времена служили молебен со стихирами и каноном, и лик его писался на иконах.
Великий князь и митрополит Иосиф приказали построить новые храмы и дозволили преподобному вместе с местным духовенством осмотреть гроб святого князя.
…После молебна разобрали надгробный памятник и начали копать могилу. Народу собралось видимо-невидимо, и все молили Господа об откровении благой воли Его. Наконец открыли гроб и в нем нашли нетленные мощи, обёрнутые берестой, а рядом лежала полная сохранившаяся одежда с медными пуговицами. По летописи, в гробу нашли записку: «аз есмь Андрей, един от Смоленских князей», – а также золотую цепь и перстень, которые потом взял себе великий князь Иоанн Васильевич, для церкви Святого Николая, положил за это замечательное жалованье.
Крупицы бересты, осыпавшиеся при отгребании земли, с верой брали недужные и исцелялись. Преподобный послал священника Константина известить об этих чудесах митрополита и великого князя. Из Москвы были присланы чудовский архимандрит Иона, впоследствии суздальский епископ, и богородский протоиерей Гурий для поверки донесения и перенесения мощей в храм.
После молебна в соборе мощи блаженного князя положили в новый гроб, обвили их плащаницей и совершили службу. Храм Святого Николая переименовали в честь святого князя Андрея, Переяславского чудотворца; существовавший при нём женский монастырь закрыли.
По преданию князь Андрей удалился из родных мест из-за крамолы. В Переяславле он служил пономарем при церкви Святого Николая, терпел нужду, но усердно молился и вёл жизнь чистую и строгую. Так он провёл тридцать лет.
Кончина князя Андрея последовала не ранее 1390 года, о чём говорится в рукописях и святцах.