Иоанникий родился в селении Марикатове к северу от Аполлониады и был сельским пастухом. Выпасая скот, он предавался созерцанию окружавших его дивных красот природы, и это возносило его мысль к Богу-Творцу. И пастушок погружался в молитву, а стадо, осененное крестным знамением, мирно паслось на лугах, и ни звери, ни злые люди не приближалось к нему.
Достигнув совершеннолетия, Иоанникий был взят на военную службу. Своим кротким характером он вскоре заслужил любовь товарищей, а за верность долгу и исполнительность начальство хотело представить его к награде. Но ни повышения по службе, ни похвалы командиров не прельщали Иоанникия, его душа жаждала иного счастья. К тому же в это время в его жизни произошли события, которые и определили его будущую судьбу.
Под влиянием товарищей он поддался распространенной тогда ереси иконоборчества. И вот однажды, проходя с войском мимо горы Олимп, он встретил неизвестного инока, который назвал его по имени и с укором спросил, как может он, христианин, не почитать изображения своего Спасителя. Осознав свое заблуждение, Иоанникий, который всегда хотел посвятить себя служению Богу, наконец решился оставить мир и обратился за наставлениями к одному подвижнику. Получив от старца сначала совет пожить сначала в монастыре, Иоанникий два года провел в изучении обычаев разных обителей, освоил грамоту и, подготовив себя подвигами послушания и отречения от своей воли, удалился в пустыню. Поселившись в землянке, питался он скудной пищей, которую приносил ему сердобольный пастух, и дни и ночи проводил в молитве.
Бог прославил Иоанникия даром предвидения и чудотворений. Он исцелял больных, помогал справляться и с душевным недугом; многих еретиков отвратил от заблуждения. Несмотря на свои благие дела, Иоанникий не избежал злобы завистников. Инок Епифаний, поселившийся неподалеку от Иоанникия, так завидовал его возрастающей славе, что задумал его погубить. Однажды, в засушливую пору, он поджег сухую траву у землянки Иоанникия. Пламя в миг охватило сухие деревья и стало распространяться по всей горе. Гибель подвижника, казалось, была неизбежна, но Бог чудным образом сохранил его – пламя не только не коснулось Божьего человека, но не тронуло даже его келью. Тогда Иоанникий, только самого себя обвиняя в том, что, может быть, как-нибудь неосторожно разозлил Епифания, пошел просить к нему прощения. Но даже этот поступок не заставил злого завистника раскаяться – он бросился на святого и поразил его жезлом с острым наконечником.
И Господь опять чудным образом спас Иоанникия от смерти.
Дожил подвижник в спасительной духовной деятельности до глубокой старости и мирно скончался в 846 году.