Страшным испытанием для Пюхтицкого монастыря в Эстонии стала Великая Отечественная война. В августе 1941 года немцы оккупировали Эстонию. Сохранились воспоминания монахинь: «В монастыре стояли немецкие части. В округе создавались концентрационные лагеря. Даже на нашем скотном дворе держали около двухсот русских военнопленных. Самым отчаянным было положение узников концлагеря в Иллуке, расположенного на пустыре среди болот в полукилометре от монастыря. Они строили узкоколейную железную дорогу. Мы очень жалели их сердцем. Голодные, мокрые, замерзшие, они до изнурения работали. Тех, кто не мог больше выходить на работы, убивали прикладами и сжигали на костре. В воздухе висел смрад от горения человеческих тел. Мы старались помочь как могли. Передавали им хлеб, одежду, лекарства. Многих вывели по тропкам в непроходимых болотах в партизанские отряды или за линию фронта».
Из рассказов матушки Ангелины: «Немцы устроили в монастыре свой штаб. В одном домике ютились престарелые монахини. Когда наши войска стали наступать, немцы предупредили монахинь, что они взорвут монастырь. Они заминировали все здания, оставили только проходы, обозначенные столбиками и стрелками, и говорили монахиням: «Уходите, мы все взорвем вме6сте с вами!». Большинство выехало в городок Альбу, в двадцати киломе6трах от Таллина. При переезде погибли шесть насельниц, попав под обстрел немецких самолетов… Однако некоторые остались в монастыре, что бы не случилось. Монахини не спали, все ночи молились. Устроились в подвалах возле храма. По ночам гудели снаряды, рвались бомбы. А когда наступал рассвет, монахини думали, что, выйдя на улицу, увидят только груды камней, но, к их великому удивлению, монастырь оставался невредим. В боях снесло колокольню на горке, но в стенах монастыря все храмы и здания уцелели. Стремительным натиском русские так быстро захватили монастырь, что немцы еле унесли ноги».
Чудом или милостью Божией остался монастырь цел во время войны. По рассказам местных старожилов, крестьян окрестных селений, записанных писателем Юрием Шумаковым, «во время Второй мировой войны десятки церквей были разбомблены под тем предлогом, что они являются четким ориентиром для неприятеля. В числе намеченных целей был и стоящий на возвышенности Успенский собор Пюхтицкого монастыря. Авиация нещадно бомбила местечко Куремяэ. Крестьяне видели множество бомб над монастырем».
Вернемся к рассказу игуменьи Ангелины о событиях тех дней: «Однажды по делам монастыря поехала в Ленинград. Остановилась в попутной столовой перекусить, села за столик. Ко мне подсел военный летчик большого чина и вежливо начал разговор.
– Вы монахиня Пюхтицкого монастыря? Ну, уж и дался нам ваш монастырь! Я в войну командовал воздушным флотом. Нам было известно, что в стенах монастыря был расположен немецкий штаб. Мы должны были разбомбить его. Целую неделю подряд каждую ночь я посылал наши бомбардировщики с заданием разбомбить Пюхтицы. И лучших летчиков подберу, и карты перед ними разложу, и расчет мы точный сделаем. Ночью улетят, вернутся и доложат: «Задание выполнено, бомбы сброшены по назначению…». А монастырь стоит! Что за сверхъестественная сила вас охраняет? А когда брали монастырь, то все снаряды в болото плюхались!
На что игуменья ответила:
– Если уж сама Царица небесная обошла в свое время наш монастырь, то не давала Она нас в обиду ни в войну, ни после».
Сестры помнят, как в 1946 году в обитель приехал человек в военной форме. Оказалось, это был летчик, которому был дан приказ – разбомбить Пюхтинский собор. Несколько раз подлетал он к месту, указанному на карте, но ничего не было видно. «Помню, подлетаю, а все как в тумане, ничего не видно. Было это при ясной погоде. Я развернулся, сделал круг – вновь ничего не видно. Стал бомбить по расчетам. Вдруг вижу: в облаках стоит Женщина в голубом, которая простерла руки над собором, и говорит: «Не разоряй Мой Дом!».
Далее вернемся к рассказу писателя Юрия Шумакова со слов местного эстонца по фамилии Кунингас. Он всю жизнь жил в соседнем с монастырем местечке Куремяэ. По его воспоминаниям, «когда летчик, пытавшийся разбомбить собор, вошел в храм, вслед за ним вошел и я. Полковник остановился справа, у чудотворного образа Пюхтицкой Божией Матери, долго всматривался, а потом опустился на колени. Во время бомбежки он видел в небе Женщину, похожую на Ту, что изображена на иконе…». Монахини помнят, что он сказал им: «Это Она явилась мне тогда».
А вот рассказ монахини Силуаны: «В один из дней приехал в монастырь офицер-летчик – грудь его увешана была орденами и медалями. Он обратился к монахиням с такими словами: «Покажите мне ваш собор, через который я уверовал в Бога». Долго стоял офицер в храме и молился, как мог, потом рассказал следующее. Со своими однополчанами он сделал несколько десятков вылетов на бомбежку монастыря, и с каждым из этих вылетов изумление его товарищей возрастало: «Летим мы с грузом бомб (по данным разведки, знали, что в монастыре стоят немцы) – и никак не можем отыскать монастырь, а чего его искать-то, он ведь на горе стоит, его отовсюду видно. Полетаем – и в другое место. Как только отбомбимся, монастырь появляется. И так много раз повторялось: только сбросим бомбы – монастырь становится видимым. Уже пытались бомбить по приборам – подлетаем к намеченному квадрату и сбрасываем груз, а потом видим – бомбы не взорвались, никаких разрушений, хотя бомбили точно. И еще – когда сбрасывали бомбы, казалось, что какая-то сила отбрасывала их в сторону или падали они без разрыва…».
И еще один эпизод ее воспоминаний: «У нас однажды побывал турист из Германии – во время войны он был летчиком и не раз летал с заданием разбомбить Пюхтинский монастырь. То, что он рассказал, замечательно совпадает с рассказом русского летчика: неведомая сила отбрасывала бомбы в стороны, а во время прицельной атаки бомбы не взрывались. А ведь одной «зажигалки» достаточно было, чтобы уничтожить монастырь, большинство строений которого – деревянные! Саперы поражались огромному количеству найденных ими неразорвавшихся бомб и снарядов».